Текст книги "Биологическая систематика: Эволюция идей"

Вообще говоря, интуитивный способ познания неустранимо присущ науке; как одно из проявлений строго эмпирического способа познания он противопоставляется рационализму (Дж. Локк). Интуитивное знание о реальном (объективном) мире во многом иррационально и неформализуемо: это знание – результат непосредственного ментального взаимодействия субъекта познания с объектом и потому оно личностное (Полани, 1985).

В качестве предмета современной философской рефлексии интуитивизм оформился на рубеже XIX–XX столетий как реакция на претензию рационального позитивизма подмять под себя научную эпистемологию, изгнав из неё личностное знание, основу которого составляет как раз интуиция (Бунге, 1967). В таком качестве его связывают главным образом с именами двух крупных мыслителей – француза Анри Бергсона (Henri Bergson; 1859–1941) и русского Николая Онуфриевича Лосского (1870–1965). Первый следует традиции Локка и отделяет непосредственное интуитивное постижение от рационального дискурса; второй пытается их совместить в едином акте познания, чем отчасти в специфическом смысле развивает картезианскую рационалистическую эпистемологию с её вполне иррациональной категорией очевидного как одного из критериев истинности. Примечательно, что интуитивизм глубоко встроен в начала математики, которая для обыденного сознания служит эталоном «рационального»: в интуиции оказываются укоренёнными основания многих формализованных систем (Перминов, 2001).

В неклассической науке значение интуиции и порождаемого ею личностного знания весьма велико: оба признаны неустранимым элементом любой познавательной ситуации (см. 6.1.1). Достаточно напомнить, что в эпистемологии К. Поппера интуиции отведена существенная роль специфического генератора научных гипотез, обеспечивающего их нетривиальность относительно предшествующего знания. М. Полани прямо утверждает, «что элиминация личностного знания из науки разрушила бы её» (Полани, 1985, с. 221). Этим признаётся как минимум недостаточность формальных процедур, предлагаемых эпистемологической рациональностью (Капра, 2002).

В биологической систематике интуиция всегда занимала большое место, поскольку объект её познания (Естественная система и естественные группы) не дан непосредственно («физически») в чувственном восприятии, а может быть лишь «угадан» ментально (Забродин, 1989; Павлинов, 1996, 2007а). Научная систематика во многом выросла из утилитарно-интуитивной народной (Atran, 1987; см. 2), при этом по крайней мере некоторые подходы в ней так и сохранили интуитивную основу, для них руководящей является «систематическая интуиция» (Carvalho, Ebach, 2009). Здесь своего рода оправданием служит убеждённость в том, что коль скоро образное (интуитивное в своей основе) познание окружающего мира возникло раньше науки, оно «более естественно для человека, чем логически безупречное аналитическое научное познание» (Тимонин, 1998, с. 358). Поэтому Дж. Симпсон называет систематику «полезным искусством» – сферой деятельности, в которой исследователю приходится часто полагаться на особое «чутьё систематика»; впрочем, он вообще считает, что «по глубине и совершенству упорядочивания… науки и искусства едины» (Симпсон, 2006, с. 5); А. Минелли прямо называет систематику «искусством» (Minelli, 1994). Знаковым, во многом даже руководящим для интуитивистов является знаменитый афоризм К. Линнея: «признак вытекает из рода, а не род из признака» (см. 3.5). Предполагается (хотя это не очевидно), что согласно данной формуле систематик-интуитивист сначала «угадывает» таксон, а потом уже выявляет характеризующие его признаки (Васильева, 2001, 2007; Эпштейн, 2003). Это же отражает афоризм, восходящий к первой половине XIX века (упомянут Дарвином, см. 4.3.4), а ныне популярный благодаря его воспроизведению у Ф. Добжанского: вид – то, что считает видом компетентный систематик (Dobzhansky, 1937; Кэйн, 1958).

Во многом основанным на интуиции является типологическое мышление, которое «схватывает» таксон как нечто целое, как некий живой образ, гештальт: он одновременно и целостен, и дробен, что позволяет вычленить в целостном образе организма отдельные признаки, а в таксоне-сверхорганизме – определяемые этими признаками отдельные подтаксоны (Кузин, 1987, 1992; Беклемишев, 1994; Михайлов, 1997). Столь же важна интуиция и систематику-филогенетику: именно она «позволяет „видеть“ в древовидных схемах, получаемых в результате применения формальных методов к формально описанным организмам, некое представление процесса филогенеза» как биологического явления (Павлинов, 2005, с. 49).

Важной особенность интуитивного отношения исследователя к классифицируемому многообразию организмов состоит в том, что интуитивизм «предполагает наличие у систематика уверенности, что он раскрывает реально существующие в природе соотношения» (Кузин, 1992, с. 88). Иными словами, интуитивизм, если только за него не выдавать ремесло классифицирования, можно считать предпосылкой реалистического мировосприятия. В этом плане порождённый европейской культурой научный интуитивизм вполне совместим с восточным путём познания: интуитивно воспринимается то, что действительно существует в объективной реальности, а не просто рождается в сознании исследователя (Капра, 1994, 2002). Как полагает естественный систематик-зоолог Борис Сергеевич Кузин (1903–1975), «все устанавливаемые систематиками подразделения любого ранга соответствуют объективно существующим сходственным группировкам организмов. Поэтому все они реальны (при условии, конечно, что они правильно очерчены)» (Кузин, 1992, с. 89). Понятно, что основным критерием реальности здесь является вышеупомянутая декартова очевидность: в данном случае этот критерий сугубо иррациональный, сводится к ощущению некоего эмоционального комфорта от полученного результата.

Несколько иное рассмотрение роли личностного знания в формировании представлений об исследуемой реальности разрабатывает феноменология. В её современном понимании, восходящем к фундаментальному труду «Логические исследования» (Logische Untersuchungen, 1900 г.) немецкого философа Эдмунда Гуссерля (Edmund Husserl; 1859–1938), она противостоит любой форме концептуализма и вообще дедуктивным схемам познания, равно как и свойственному классическим эпистемологическим системам жёсткому дуализму «объект-субъект» (Гуссерль, 2004). Феноменология в несколько упрощенном понимании – это метод для выявления и описания структуры личностного знания. Она ничего не утверждает о том, из чего состоит постигаемый сознанием внешний по отношению к субъекту и его интуиции «мир»: вопрос об устройстве этого «мира» выносится за скобки в процедуре феноменологической редукции. То есть феноменология работает не с миром и вещами как они есть «на самом деле», а с теми возможными смыслами, которые с необходимостью несёт «мир» для очищенного сознания, будучи предметом приложения его активности. Такое сознание в идеале свободно от всего пред посыл очного знания – как от относящихся к метафизике догм и концептов, привязывающих такое сознание к чему-то внешнему по отношению к феноменам (восприятиям), так и (в пределе) от самого личностного знания. Такому очищенному сознанию, нацеленному на «мир» как таковой, этот последний может открыться феноменологически непосредственно в процессе их (сознания и «мира») активного взаимодействия – и результат этого взаимодействия станет частью сознания, а через это частью личностного знания данного исследователя о данном феномене. Для человека, исповедующего эти идеи, основным критерием существования внешних по отношению к нему вещей является всё та же их очевидность: в данном пункте феноменология сближается с картезианской рациональностью, опирающейся на очевидность «первых сущностей», а в интересующей нас области знаний – также с народной систематикой (см. 2).

Как отмечено ранее (см. 3.2), феноменологическое понимание познавательной деятельности фактически означает такое внутреннее восприятие познаваемой Природы, в котором она предстоит не пассивной Natura рационалистов Нового времени, но активного φγςις Античности (Ахутин, 1988).

Идеи феноменологии не слишком активно используются в обосновании таксономической теории и практики. Поскольку эти идеи сами по себе не слишком просты для освоения, иногда они приписываются конструктам, которые не являются феноменологическими. Так, ошибочна предлагаемая Гизелином (Ghiselin, 1969) аттестация позиции позитивиста Дж. Джилмура (Gilmour, 1940) как феноменологической на том основании, что тот считает истинным объектом классификации не сам организм, а его чувственное восприятие практикующим систематиком (см. 5.5.2): это скорее похоже на сенсуализм Локка (А.А. Оскольский, in lit.). О. Риппель считает, что элементы феноменологии, возможно, присутствуют в хенниговой кладистике в форме концепции семафоронта (Rieppel, 2003; см. 5.7.4.2).

Своего рода декларацией феноменологического подхода к рассмотрению некоторых фундаментальных проблем систематики является публикация А.А. Оскольского (2007) «Таксон как онтологическая проблема». Для него эпистемологическую основу таксономического исследования составляет вышеупомянутая феноменологическая редукция, которая означает «отказ от суждений о реальности и существовании предметов» (op. cit., с. 221). Предметом рефлексии является не познаваемое, а способ его (главным образом) интуитивного познания: «предмет… рассмотрения – не таксон, а способ „имения дела“ с таксоном» (op. czY., с. 224). При этом Оскольский исходит «из представления о том, что таксон (как и любой другой объект) дан нам только как предмет тех или иных исследовательских практик (будь то классифицирование, коллекционирование, именование, эксперимент и экстраполяция его результатов и т. д.), и рассматривать его „сам по себе“, вне этих практических процедур, не имеет смысла» (ор. cit., с. 222). По Оскольскому такая постановка частной задачи систематики вроде бы не отменяет «вопрос об онтологии вещей и мира… <но при этом> феноменолога интересуют предпосылки самой его постановки» (ibid.). Как кажется, здесь в неявном виде присутствует онтологический релятивизм Куайна (Quine, 1969; см. 6.1.1), который в предельном выражении ведёт к номиналистической трактовке таксонов (Kitchег, 1984; Dupre, 1999). И действительно, рассматривая способ полагания бытия таксонов с несколько иных, чем Оскольский, позиций, А.А. Стекольников (2007) утверждает, что «реальность таксона… никак не связана с истинностью таксона в классическом смысле, с его соответствием „объективной реальности“… истина классификации состоит в осознании её произвольности» (с. 114).

Хотя в вводном разделе настоящей главы интуитивный подход к решению таксономических задач противопоставлен рациональному позитивистскому, у них есть ряд важных общих черт. Одна из них состоит в том, что оба подхода опираются на полагание мира чувственно воспринимаемых вещей как таковых, вне какого-либо теоретического контекста, при этом истинность суждений об этих вещах черпается из их субъективной очевидности. На этом основании онтологическую позицию систематиков-интуитивистов, так же как и позитивистски ориентированных, можно охарактеризовать как в большой или меньшей мере номиналистическую. Другая их общность – присутствие у «анти-теоретически» настроенных практикующих систематиков явных черт фенетического мышления, не предполагающего априорного деления признаков по их значимости (о нём см. 5.2.2).

В эмпирической систематике, полагающейся на интуицию, как будто возникает некий специфический парадокс: «чем больше признаков таксона мы будем принимать во внимание, тем более индивидуализированным, уникальным… и даже несравнимым со всеми прочими он будет представать перед нами. Тем самым возможность экстраполяции сводится до минимума… Поэтому систематика в постоянном стремлении расширить круг используемых признаков неизбежно повышает значимость образного неформализуемого… восприятия таксонов» (Тимонин, 1998, с. 348). По-видимому, последнее утверждение верно в той мере, в какой, по Б.С. Кузину (1987), всё множество признаков стягивается в некий обобщённый интуитивный образ группы – гештальт. Коль скоро человеческое непосредственное восприятие способно оперировать лишь достаточно небольшим числом наблюдаемых характеристик (Андерсон, 2002), такой образ сформировать тем труднее, чем больше признаков принято во внимание. Однако этот «парадокс Тимонина» едва ли корректен для всей эмпирической систематики: в численной систематике такому «стягиванию» соответствует вычислительная операция определения центроида группы без ограничений на число признаков (Smirnov, 1925; см. 5.4.2); А.А. Оскольский (in lit.) полагает, что эта позиция очень чётко соотносится с процедурой эйдетической редукции у Гуссерля.

Основные проблемы, которые порождает интуитивизм как эпистемологическая доктрина, так или иначе обусловлены именно тем, что и сам этот способ постижения таксономической реальности, и порождаемое им знание являются личностными, не поддающимися тривиальной формализации или хотя бы вербализации. Поэтому метод интуитивизма, вообще говоря, не воспроизводим или (на уровне ремесла) сводим к вышеупомянутому рецепту «делай как я». Вместе с тем личностное знание представляет ценность для науки лишь постольку, поскольку в научном сообществе имеются инструменты для его обобществления (А. Оскольский, in lit.). Поэтому возникает серьёзная и едва ли тривиально решаемая проблема перевода множества личностных (субъективных) знаний в некое общее межличностное (интерсубъективное) – т. е. (по Попперу) переход от «второго мира» к «третьему миру» как к эквиваленту объективного знания (Павлинов, 1996; Тимонин, 1998). С точки зрения рационализма любого толка всё это выводит за рамки нормальной науки такую интуитивистски ориентированную систематику, в которой личностное знание не дополнено некими обобществляющими его рациональными принципами (см. далее наст, раздел).

Одним из серьёзных препятствий в вышеуказанном переходе служит вышеупомянутое обоснование личностного знания ссылкой на его очевидность. Проблема здесь в том, что для разных специалистов с разной интуицией очевидность также может быть разной: она может быть несомненной в рамках одного когнитивного стиля и совершенно необязательной в рамках другого стиля. При этом представление об очевидности некоей структуры разнообразия может быть плодом как личной интуиции специалиста-систематика, так и неосознаваемым следствием его обучения в рамках определённой традиции (Williams, 1967; Павлинов, 1996). Такое обучение привязывает внимание (интуицию) исследователя к некоторому образу объекта, который и становится для него очевидным. В терминах систематики это может быть формально представлено как специфическое неявное взвешивание признаков: то, что не укладывается в данный когнитивный стиль или в унаследованный от предшественников очевидный образ, отсеивается на уровне подсознания. Отсюда известные конфликты между сторонниками классификаций, основанных на морфологических и молекулярных данных или на интуитивных и формализованных подходах: они воспитаны и действуют в разных традициях (Wheeler, 2008b; Mooi, Gill, 2010).

Между тем, по образному выражению великого немецко-американского физика XX столетия Альберта Эйнштейна (Albert Einstein; 1879–1955), наука – это «бегство от очевидного» (Кузнецов, 1972). Ранее при переходе от эпохи травников к линнеевской классификационной парадигме таким неочевидным и вызывающим протесты было, например, введение фиксированных рангов с фиксированными же названиями таксонов (см. 3.4). В настоящее время столь же неочевидным и критикуемым представляется предложение фенетиков и «ультракладистов» отказаться от этого классического наследия (см. 5.2.2.3, 5.7.4.5). Можно привести множество случаев, когда предложения кладистов (например, предложенное ещё Т. Хаксли выделение птиц с крокодилами в таксон, сестринский для собственно рептилий) отвергаются как противоречащие очевидности, здравому смыслу и просто устойчивой традиции (Майр, 1971; Кузин, 1992; Чайковский, 2007).

На том основании, что интуитивизм отвергает формальные процедуры, предлагаемые физикалистской парадигмой, А.К. Тимонин (1998) полагает, что «превратить систематику в „нормальную“ науку возможно, только лишив её того, за что её ценят, – полноты познания уникального объекта» (с. 357) и что поэтому биологическая систематика такой «нормальной» наукой никогда не станет. Эта позиция не принимает во внимание то обстоятельство, что современная неклассическая наука признаёт личностное знание в качестве полноценной и законной компоненты научной познавательной ситуации (см. 6.1.1). Поэтому, вообще говоря, систематика, опирающаяся на интуитивизм, в какой-то мере является частью «нормальной» науки в её неклассическом понимании (Павлинов, 2006). Другое дело, что она вряд ли может ограничиваться только интуицией как способом порождения личностного знания: последнее дополнительно рационально обоснованному, так что одной из основных задач является подчёркнутое выше их соединение для перевода многих отдельных личностных знаний в общее интерсубъективное знание. Поэтому развитие интуитивной систематики, рассматриваемой в контексте неклассической науки, едва ли возможно без определённой её рационализации. Последняя, например, может иметь форму соединения интуитивизма с фальсификационизмом как валидным способом проверки таксономических гипотез-«догадок» на предмет истинности, понимаемой в объективистском смысле.

Фенетическая идея, или фенетизм (Ereshefsky, 2001b) – одна из доминирующих в систематике, составляет своего рода базис всего эмпирического направления в ней. В её основе лежит тезис ранних эмпириков-рационалистов (Адансон, Жюсьё, Кандоль) о том, что сродство организмов раскрывается с помощью анализа всех признаков. В систематике начала XX столетия вызревание этой идеи происходит по нескольким направлениям. Прежде всего, прямым продолжением прежней традиции являются утверждения о том, что систематика может и должна исследовать все категории данных, на этот раз включая не только анатомию, но и физиологию, генетику, биохимию: чем больше данных использовано, тем больше число задач, которые могут быть решены с помощью классификаций (например, Ferris, 1928; Вермель, 1931; Turrill, 1940, 1942с; Blackwelder, 1967). Аналогичные идеи в начале XX столетия развивает филогенетическое направление, призывающее к изучению большого числа признаков, в совокупности указывающих на родство организмов (Козо-Полянский, 1922; Bather, 1927). Эти представления активно продвигает и зарождающаяся популяционная систематика, призывающая проводить таксономические исследования на основе самых разных категорий данных с привлечением экспериментальных методов (Hall, Clements, 1923; Du Rietz, 1930; см. 5.7.2). Появляются публикации, призывающие к менее декларативному и более рациональному обоснованию естественной системы, отражающей сходство по большому числу признаков (Смирнов, 1923; Smirnov, 1925; Bremekamp, 1931), их венчает проработка такого её понимания с точки зрения позитивистской философии науки (Gilmour, 1937, 1940; см. 5.5.2.2). Последнее, собственно говоря, и знаменует собой формирование современного фенетизма в систематике. Его с достаточным основанием выделают из той общей эмпирической традиции, которая выражена идеей «всеохватной» классификации (см. 5.2): последняя не столь формализована, как собственно фенетическая (Kavanaugh, 1978).

Термин «фенетика» ввели в научный оборот систематики Кэйн и Харрисон как упорядочение по всеобщему сходству (Cain, Harrison, 1960, р. 3), вслед за чем не заставляет себя ждать методологическое и методическое оформление фенетической систематики как особой таксономической школы (Sneath, 1961, 1964; Sokal, Sneath, 1963; Sokal, 1966; Сокэл, 1967; Sneath, Sokal, 1973). В одной из версий фенетическая систематика (таксономия) определяется как систематика фенотипов, противопоставляемая систематике генотипов (Ehrlich, Holm, 1963). Эта систематика Эрлиха-Холма рассматривается в контексте микроэволюционной концепции и по сути представляет собой популяционную фенетику, которая в основном лежит вне собственно систематики и позже оформилась в особое направление популяционных исследований (Яблоков, 1980; Васильев, 2005). По-видимому, реализацию фенетической идеи в систематике можно обозначить, в противовес популяционной, как классификационную фенетику. Н.А. Заренков (1988) обозначает рассматриваемый классификационный подход как фенонику.

Ещё одним признанным «ярлыком» указанной школы является численная систематика (Sneath, Sokal, 1973), или таксометрия (Abbot et al., 1985). Это неслучайно: фенетическая идея, призывающая к анализу как можно большего числа признаков, чуть ли не с неизбежностью предопределяет движение систематики в сторону её нумеризации, служит одним из необходимых условий этого движения (см. 5.3.1). Поэтому идеологи названных школ акцентируют внимание на методе как таковом и считают численную фенетику частью общего «нумерического» подхода, полагая операционализм их общей фундаментальной чертой (Sokal, Sneath, 1963; Sokal, Camin, 1965; Sneath, 1995).

Однако фенетику и «нумеристику», хотя они и идут рука об руку, важно различать (Mayr, 1965а; McNeill, 1979а): в общей познавательной ситуации в систематике они выполняют существенно разные функции. Фенетическая идея обращена к тому, что представляет собой классифицируемое разнообразие: каков объект систематики, как описываются организмы, какие отношения между ними надлежит исследовать и представлять в форме классификации. Нумерическая идея, будучи частью инструменталистского понимания систематики, обращена к тому, как классифицируется это разнообразие: каковы количественные методы анализа сходства между выбранными объектами по выбранным признакам, оценки состоятельности полученных классификаций (см. 5.3.1).

Классификационная фенетика, как одна из основных современных таксономических доктрин, изначально противопоставляется типологической и эволюционной (Sokal, 1962; Sokal, Sneath, 1963; Hull, 1970; Sneath, Sokal, 1973; Ereshefsky, 2001b). Правда, оба противопоставления не очень категоричные: с типологическим (в широком смысле) направлением фенетическая идея связана на уровне эмпирической типологии (Smirnov, 1925; Sokal, 1962; см. 5.4.2), с филогенетическим – через принцип всеобщего свидетельства (Rieppel, 2009а; см. 5.1.2). Последний, присущий прежде всего популяционной систематике (см. 5.7.2), а также отчасти новейшим филогенетическим исследованиям (см. 5.7.4.4), позволяет давать чрезвычайно широкое толкование фенетики, включая в неё также (с некоторыми оговорками) некоторые подходы в филетике (Moss, Hendrickson, 1973). С этим согласен МакНил, подчёркивающий, что «фенетика характеризуется не какой-то частной методологией, но своей основной, возможно единственной целью: разработать удобную основу общего назначения для обобщения разнообразия растений и животных» (McNeill, 1979а, р. 465). Примечательно, что Э. Майр, имея в виду «неэволюционизм» фенетической систематики и оперирование усреднёнными характеристиками таксонов, обвиняет её в приверженности типологическому мышлению (Мауг, 1965а), эту оценку повторяет И. Канаев (1966). Хотя фенетическую идею обосновывают рационально (Gilmour, 1937, 1940, 1951; см. 5.5.2), она не чужда и систематикам-эмпирикам, опирающимся на интуитивное понимание сущности классификационной деятельности (Blaclcwelder, 1964; Тимонин, 1998; см. 5.2.1).

Наиболее предвзятые приверженцы фенетической идеи всячески подчёркивают её революционный характер; однако это скорее относится к её современному преимущественно «нумерическому» толкованию, т. е. к методическому аппарату фенетической таксономии (например, Ehrlich, 1961а; Сокэл, 1967). В действительности же сами зачинатели современной классификационной фенетики признают её очевидную историческую преемственность. Последняя проявляется, в частности, в том, что П. Снит (Sneath, 1958, 1964; Sokal, Sneath, 1963) назвал фенетическую систематику адансоновской, тем самым желая подчеркнуть его связь с естественным методом классика ботаники XVIII века М. Адансона (см. 4.1.1). Правда, эта связь была установлена не совсем корректно: у Адансона речь идёт не о равном значении (весе) признаков, как полагал Снит, а главным образом об их большем количестве в сравнении с тем, которое подразумевает школа Линнея (Burtt, 1966). Причина недоразумения в том, что П. Снит ознакомился с методом Адансона в его изложении историками систематики (Sachs, 1906; Bather, 1927), которые, в свою очередь, исходили из его интерпретации противниками Адансона-Кювье и Кандоля (Burtt, 1966; Nelson, 1979). Прояснение конфуза побудило П. Снита и Р. Сокэла перекрестить данное направление систематики в неоадансоновское (Sneath, Sokal, 1973; Hull, 1988; Winsor, 2004). Но и такое самоназвание не вполне оправдано: Адансон имел вполне натурфилософский взгляд на Естественную систему и на основе этого выстраивал свой естественный метод (см. 4.1.1, 6.1.2).

Несмотря на довольно значительные авансы, выданные сторонниками современной фенетической систематики в период её становления (50-60-е годы), уже в конце 70-х годов она заняла в общем разнообразии таксономических доктрин достаточно скромное место (Hull, 1988). Правда, П. Снит (Sneath, 1995) весьма оптимистически оценивает некоторые результаты и перспективы развития фенетической идеи, полагая, что основные её постулаты в той или иной мере выдержали проверку таксономической практикой, а те проблемы, которые обнаружились (например, с гомологизацией признаков) вообще свойственны любым подходам, основанным на сравнительном анализе данных.

Рассматривая итоги развития фенетической идеи в систематике с общеметодологической точки зрения, следует отметить прежде всего, что её врождённые ограничения обусловлены лежащей в её основе позитивистской философией науки. Как оказалось, классификационная фенетика, вопреки её исходным заявкам, не свободна от теоретизирования на содержательном уровне (например, критерии гомологии, обоснование принципа неспецифичности выборки признаков; см. 5.2.2.2), т. е. не является строго эмпирической. Сторонники этого подхода утверждают, что классификация должна быть объективной, воспроизводимой и эвристически значимой; они неправы, думая, что такая классификация может и должна быть независимой от какой-либо содержательной теории (Rosenberg, 1985; Ereshefsky, Matthen, 2005). И. Бриганд полагает, что сама возможность экстраполяций содержательно осмысленна, если только мы заранее полагаем, что в природе есть некие «естественные» совокупности организмов, которые объективно характеризуются некими сцепленными свойствами (Brigandt, 2009; также см. 5.5.2.2). С точки зрения современной эпистемологии едва ли не нелепой выглядит идея случайной выборки признаков (см. 5.2.2.2) вне указания той содержательной задачи, для решения которой данные признаки выбираются (Kronenfeld, 1985; Wilkins, 1998b). Сходное возражение выдвигается против идеи «сходства вообще»: оно не может считаться нейтральными относительно предпосылочного знания, в контексте которого проводится конкретное исследование (Sober, 1984; см. 6.4.1). Таким образом, если взлёт фенетического подхода к решению таксономических проблем был обусловлен исполненным энтузиазма освоением систематикой позитивистской эпистемологии, то развенчание претензий последней на «окончательную» научную состоятельность стало одной из ключевых причин падения и классификационной фенетики.

Из противоречий более частного характера следует отметить проблемы с операционностью базовых концепций фенетической систематики, частью отмеченные выше; так, далеко не все свойства организмов и отношении между ними отвечают критерию наблюдаемости (Farris, 1976а). Активное использование фенетикой численных методов также показало невысокую продуктивность фенетической идеи: будучи строго операционными, эти методы не приводят к осмысленному решению задач систематики вне их биологического обоснования (Crowson, 1970; Шаталкин, 1983а; см. 5.3.1). Снит и Сокэл указывают следующие основные проблемы классификационной фенетики, требующие серьёзного обсуждения: «(1) неконгруэнтность классификаций, основанных на разных частях тела или разных стадиях жизненного цикла, (2) различия в оценках отношений, получаемых на основе разных коэффициентов сходства, (3) различия в интерпретации отношений, получаемых на основе разных методов кластеризации, (4) возможное влияние параллелизмов и конвергенций на таксономические суждения, основанные на оценках фенетических отношений» (Sneath, Sokal, 1973, р. 31). Как видно, все они так или иначе связаны с необходимостью понимания биологической подоплёки классификаций.